KRAJOWY SYSTEM E-FAKTUR - KSEF obowiązek dotyczący również lekarzy

KRAJOWY SYSTEM E-FAKTUR  -  KSEF obowiązek dotyczący również lekarzy

Rozwiązania podobne do polskiego Krajowego Systemu e-Faktur są stosowane lub są przygotowywane do wdrożenia już w wielu krajach świata, w tym również w krajach Unii Europejskiej. Spośród krajów europejskich systemy podobne do KSEF działają już, na przykład, we Włoszech od 2019 roku, w Rumunii od 2022 roku w zakresie niektórych transakcji czy Serbii od 2023 roku.

Wśród krajów planujących w niedługim czasie wprowadzić obowiązkowe systemy podobne do KSEF lub już je wprowadzające wymienić można, między innymi, Niemcy (system ma zacząć obowiązywać w 2026 roku), Francja, Hiszpania, Chorwacja, Słowacja czy Słowenia.

Również wiele krajów spoza Europy stosuje lub planuje wprowadzić systemy faktur elektronicznych, np. Australia, Chiny, Korea Południowa czy niektóre kraje Ameryki Łacińskiej.

Głównym celem wprowadzania systemów e-faktur, również polskiego KSEF, jest uszczelnienie systemu podatkowego poprzez utrudnianie lub zapobieganie oszustwom.

Jakkolwiek nazwy systemów w różnych krajach są odmienne, to zasada działania jest bardzo podobna. Przekazywanie wystawianych faktur kontrahentom za pośrednictwem rządowego systemu informatycznego powoduje, że organy podatkowe mają kompletną wiedzę o dokonywanych przez kontrahentów transakcjach, w tym o rodzaju sprzedawanego towaru czy usługi, ceny jak i wartości oraz sposobów płatności.

W związku z wprowadzaniem w Polsce systemu KSEF, wszystkie podmioty prowadzące działalność gospodarczą, a więc również lekarzy prowadzących działalność gospodarczą, od 1 lutego 2026 roku czekają rewolucyjne zmiany w zakresie wystawiania faktur dokumentujących sprzedaż towarów i usług i odbierania faktur dokumentujących ponoszone koszty od swoich kontrahentów.

Obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych (e-faktur) poprzez KSEF pojawia się w dwóch terminach. Od 1 lutego 2026 roku dla podatników, którzy osiągnęli w 2024 roku sprzedaż przekraczającą 200 mln zł. Natomiast dla pozostałych podatników obowiązek ten wchodzi w życie od 1 kwietnia 2026 r., przy czym dla podatników którzy osiągają fakturowaną wartość sprzedaży nie większą niż 10 tys. złotych miesięcznie, obowiązek wystawiania faktur za pomocą KSEF został odroczony do 1 stycznia 2027 roku. Jednak wprowadzono zastrzeżenie, że jeżeli w którymkolwiek z miesięcy 2026 roku podatnik osiągnie fakturowaną wartość sprzedaży przekraczającą tę kwotę, to zobowiązany będzie w tym miesiącu i w następnych wystawiać faktury poprzez system KSEF.

Pamiętać jednak należy, że wszyscy podatnicy, bez względu na wartość sprzedaży, zobowiązani będą do odbierania faktur poprzez KSEF od 1 lutego 2026 r.

Sytuacja ta dotyczy również podatników o wartości sprzedaży do 10 tys. zł. miesięcznie.

Obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych poprzez KSEF dotyczy nie tylko czynnych podatników podatku VAT, ale również podatników zwolnionych podmiotowo z podatku VAT (art. 113 ust. 1 i 9 ustawy VAT – zwolnienie z powodu nieprzekroczenia 200 tys. zł sprzedaży a w 2026 r. – 240 tys. zł) oraz podatników świadczących usługi zwolnione przedmiotowo z podatku VAT – na przykład usługi w zakresie opieki medycznej, służące profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia (art. 43 ust. 1 pkt 18, 18a i 19). Pojawiające się w przestrzeni publicznej sugestie jakoby podatnicy zwolnieni z podatku VAT zarówno podmiotowo jak i przedmiotowo nie będą zobowiązani do wystawiania faktur poprzez KSEF są nieprawdziwe.

Zatem obowiązek wystawiania faktur poprzez KSEF dotyczy również podmioty (lekarzy i spółki) świadczące dla innych podmiotów gospodarczych usługi medyczne zwolnione z podatku VAT.

Obecnie wystawianie faktur dla osób fizycznych, które nie prowadzą działalności gospodarczej (pacjentów), następuje jedynie na ich żądanie. Są to tak zwane „faktury do paragonu”. Takie faktury nie będą musiały być wystawiane za pomocą systemu KSEF.

Jeżeli więc lekarz prowadzi „prywatny gabinet” i przyjmuje w nim jedynie prywatnych pacjentów (osoby fizyczne) a nie świadczy usług medycznych dla podmiotów gospodarczych (np. dla NZOZ-ów, szpitali lub publicznych placówek ochrony zdrowia a przede wszystkim dla Narodowego Funduszu Zdrowia), to oczywiście nie będzie zobowiązany do wystawiania faktur ustrukturyzowanych poprzez system KSEF. Ale nadal będzie zobowiązany do odbierania za pomocą tego systemu faktur kosztowych.

Aby w miarę sprawnie wprowadzić w swojej działalności wystawianie faktur za pomocą KSEF, mimo że terminy (1 lutego, 1 kwietnia 2026 lub 1 stycznia 2027) wydają się odległe, konieczne jest rozpoczęcie przygotowań do wejścia w ten nowy obowiązek już teraz.

Pierwszą konieczną czynnością umożliwiającą korzystanie z KSEF jest uzyskanie certyfikatów w systemie. Istnieją dwa rodzaje certyfikatów: jeden do uwierzytelniania w systemie oraz drugi do wystawiania faktur w trybie offline, gdy system jest niedostępny. Aby uzyskać obydwa rodzaje certyfikatów należy zalogować się do modułu certyfikatów i uprawnień pod adresem: https://mcu.mf.gov.pl/web/login . Można tego dokonać profilem zaufanym, podpisem kwalifikowanym lub tzw odciskiem palca certyfikatu kwalifikowanego. Tę trzecią metodę stosuje się w sytuacjach zupełnie wyjątkowych zatem nie będę jej omawiał. W zależności od posiadanego certyfikatu wybieramy ten właściwy dla nas, np. certyfikat kwalifikowany. Przy zastosowaniu certyfikatu (podpisu) kwalifikowanego sam sposób logowania jest trochę bardziej skomplikowany, gdyż przy logowaniu, po podaniu NIP lub PESEL generowany jest plik autoryzacyjny (opcja „pobierz żądanie autoryzacyjne”, który należy zapisać w swoim komputerze a następnie za pomocą podpisu kwalifikowanego podpisać go elektronicznie i zapisać tak podpisany plik w swoim komputerze. Używając podpisu kwalifikowanego, ja wybieram podpis „dokumenty prawne”. Jest to rodzaj podpisu „otaczający”, który wymagany jest do podpisywania plików autoryzacyjnych. Po powrocie do modułu certyfikatów i uprawnień wskazujemy podpisany przez nas plik autoryzacyjny i wykonujemy czynności zgodnie ze wskazaniami w module certyfikatów i uprawnień. W module tym (MCU) użytkownik ma możliwość zarządzać uprawnieniami użytkowników systemu, składać wnioski o certyfikaty, pobierać wydane certyfikaty.

W przypadku e-PUAPU proces przebiega trochę w inny sposób.

W przypadku podmiotów nie będących osobami fizycznymi (spółki cywilne, jawne oraz spółki kapitałowe: z ograniczoną odpowiedzialnością i akcyjne) uzyskanie certyfikatów należy rozpocząć od złożenia w formie papierowej formularza ZAW-FA, w którym podmiot wskaże jedną osobę fizyczną, która w module MCU będzie mogła udzielać dalszych upoważnień (będzie posiadała tzw uprawnienia pierwotne).

Po złożeniu formularza ZAW-FA urząd skarbowy w ciągu kilku dni nada wskazanej w nim osobie uprawnienia. Zawiadomienie o nadaniu uprawnień zostanie przesłane na wskazane w formularzu adresy email zarówno spółki jak i osoby upoważnianej. 

Ta osoba, po zalogowaniu się do modułu certyfikatów i upoważnień będzie mogła wygenerować certyfikaty dla siebie oraz nadać stosowne uprawnienia dla innych osób.

Nadanie uprawnień innym osobom należy poprzedzić analizą komu i w jakim zakresie nadać uprawnienia. Należy tak nadać uprawnienia aby poszczególne osoby posiadały wyłącznie uprawnienia konieczne dla wykonywania czynności, które będą dla tych osób konieczne.

Instrukcja wypełniania formularza ZAW-FA:

1. W polu nr 1 w lewym górnym rogu podajemy identyfikator NIP spółki,
2. Pole nr 4 (kolejny egzemplarz) nie wypełniamy lub wpisujemy 1/1,

Część A

1. Pole 5 wpisujemy nazwę urzędu skarbowego właściwego dla spółki,
2. Pole 6 przy pierwszorazowym wskazaniu osoby (nadaniu uprawnień) zaznaczamy znakiem x kwadrat „nadanie uprawnień)

Część B1

1. Pole 7 zaznaczamy kwadrat 1 „podmiot nie będący osobą fizyczną”
2. W polu 8 podajemy pełna nazwę spółki (z KRS lub w przypadku spółki cywilnej pełną nazwę zgłoszoną do US na formularzu NIP-2)
3. W części B2 wpisujemy adres siedziby spółki,
4. W części B3 wpisujemy we właściwych rubrykach nr telefonu do kontaktu ze spółka oraz adres email (na ten adres spółka otrzyma potwierdzenie nadania uprawnień)

Część C1

1. W polu 20 zaznaczamy rodzaj identyfikatora osoby uprawnionej do korzystania z KSEF (NIP lub PESEL). PESEL wybieramy w sytuacji gdy osoba uprawniona nie posiada identyfikatora NIP.
2. W polu 21 podajemy NIP lub PESEL osoby upoważnianej (NIP podajemy dla osób mających aktywny NIP a PESEL dla osób nie posiadających NIP)
3. W polu 22 i 23 wpisujemy odpowiednio nazwisko i imię osoby upoważnianej,
4. Pola od 24 do 27 oraz kwadrat 3 w polu 20 wypełniamy w przypadku upoważniania nierezydenta polskiego nieposiadającego identyfikatora,
5. W części C2 podajemy adres zamieszkania osoby upoważnianej,
6. W części C3 podajemy nr telefonu i adres email osoby upoważnianej, przy czym adres email podaje się obowiązkowo. Na ten adres email osoba upoważniana otrzyma z urzędu skarbowego potwierdzenie nadania uprawnień.
7. Część D dotyczy przypadków gdy podpis kwalifikowany nie zawiera identyfikatora NIP lub PESEL (sytuacja niezmiernie wyjątkowa),
8. W części E umieszczamy we właściwych rubrykach nazwisko, imię, stanowisko (funkcję) i podpis osoby lub osób uprawnionych do reprezentowania spółki. Jeżeli ze stosownych dokumentów (umowa spółki, wpis do KRS) wynika jednoosobowa reprezentacja to formularz podpisuje jedna osoba spośród uprawnionych. Jeśli natomiast reprezentacja jest wieloosobowa to w części E podajemy dane wszystkich osób koniecznych do reprezentowania spółki.

ZAW-FA wypełniamy w dwóch egzemplarzach, przy czym jeden składamy w urzędzie skarbowym właściwym dla spółki a na drugim pobieramy potwierdzenie US o złożeniu formularza lub dopinamy do niego dowód nadania listu poleconego (ta forma przekazania do US wydłuży procedurę oczekiwania na nadania uprawnień).

W systemie KSEF funkcjonują dwa rodzaje certyfikatów (które generujemy osobiście): jeden do uwierzytelniania się w systemie KSEF a drugi do podpisywania linku przy wystawianiu faktur w trybie off line (w sytuacjach awaryjnych).

Sugeruję, aby przy pierwszym logowaniu do MCU wygenerować jedynie certyfikaty. Jeden do uwierzytelniania się w KSEF a drugi do podpisywania linku przy wystawianiu faktur w trybie off line.

Uzyskane certyfikaty należy traktować jak dane wrażliwe i chronić je przed innymi osobami. Niedopuszczalnym jest udostępnianie danych innej osobie po to aby działała ona w systemie KSEF w posługując się naszym imieniem i nazwiskiem. Certyfikaty należy traktować jako narzędzia osobiste poświadczające naszą tożsamość. Jeżeli chcemy, aby inna osoba miała dostęp do naszego KSEF, musimy jej nadać odpowiedni rodzaj uprawnienia, a nie przekazywać dane naszego certyfikatu.

W systemie KSEF funkcjonować będą rozwiązania umożliwiające wystawianie faktur w trybie off line w sytuacjach braku dostępu do internetu lub awarii systemu KSEF. O sposobach postępowania w trzech sytuacjach braku dostępu do systemu napiszę Państwu w terminie późniejszym, bliżej terminu wejścia w życie obowiązków związanych z KSEF.

Po uzyskaniu certyfikatów, musicie Państwo zastanowić się komu i w jakim celu udzielicie upoważnień do korzystania z KSEF w Państwa imieniu. Czy, na przykład w prowadzonej przez lekarza działalności sprawami administracyjnymi zajmuje się ktoś inny (rejestratorka lub inna osoba) to wtedy należy udzielić tej osobie upoważnienie do korzystania z KSEF w naszym imieniu, wybierając właściwy zakres upoważnienia. Może być również sytuacja, gdy nasz kontrahent (NZOZ, szpital lub inny podmiot) wystawia sam sobie nasze faktury za świadczone przez nas usługi w trybie samofakturowania. Często przecież to od naszego usługobiorcy otrzymujemy dane do wystawienia faktury za konkretny miesiąc. Wtedy upoważniamy szpital do „samofakturowania”.

Moduł Certyfikatów i Upoważnień KSEF.

Instrukcja logowania, uzyskiwania certyfikatów i nadawania uprawnień.

Logowanie do modułu certyfikatów i upoważnień rozpoczynamy na stronie https://ksef.podatki.gov.pl/

Po wywołaniu powyższej strony musimy przewinąć ją nieznacznie w dół aby ujrzeć taki ekran:

 

Wybieramy MCU – Moduł Certyfikatów i uprawnień i widzimy taki ekran

Możemy zapoznać się z opisem modułu a następnie przewijamy nieznacznie w dół i klikamy Moduł Certyfikatów i Uprawnień – przejdź do aplikacji

Po czym widzimy taki ekran

Wybieramy właściwy dla nas sposób logowania – profil zaufany lub podpis kwalifikowany.

Trzecia metoda dotyczy niezwykle rzadkich przypadków, dlatego pominę ją w omawianiu sposobów logowania.

Po wybraniu właściwej metody otrzymujemy poniższy ekran:

Zaznaczamy NIP firmy (domyślnie) i wpisujemy nasz NIP w okienko. (NIP wpisujemy bez myślników, spacji. 10 cyfr jedna po drugiej) a następnie uwierzytelniamy się (żółta obwódka) i podpisujemy dokument autoryzacyjny poprzez e-puap (bezpośrednio lub poprzez bankowość internetową)

Tym sposobem logujemy się do Krajowego Systemu e-Faktur – Moduł Certyfikatów i Upoważnień.

Zaczynamy od uzyskania dwóch certyfikatów - autoryzacyjnego i do podpisywania linku. Ten drugi wykorzystywać będziemy w sytuacjach awaryjnych braku dostępu do KSEF, np. brak internetu po naszej stronie lub awaria systemu KSEF (tzw tryby off line wystawiania faktur).

W przypadku zastosowania podpisu kwalifikowanego, etap logowania wygląda trochę inaczej.

Po wpisaniu NIP firmy i wyborze podpisu kwalifikowanego proces logowania przebiega następująco:

Zaznaczamy „tak” (domyślnie)

A następnie

i zapisujemy plik na dysku naszego komputera a następnie przy użyciu narzędzia zapewnionego przez dostawcę podpisu kwalifikowanego podpisujemy plik autoryzacyjny podpisem „otaczającym” i następnie klikamy „dodaj plik” wskazując podpisany przez plik w formacie „xades” znajdujący się na dysku naszego komputera.

Jesteśmy zalogowani tak jak za pomocą e-puapu.

Uzyskiwanie certyfikatów niezbędnych do pracy z KSEF.

Aby uzyskać certyfikaty należy rozwinąć menu „certfikaty” w lewej górnej części ekranu.

Wybieramy „wnioskuj o certyfikat”. Po wykonaniu czynności zgodnie z poleceniami na ekranie uzyskujemy następujący efekt:

Następnie wnioskujemy o kolejny certyfikat i go otrzymujemy.

Klikając na „listę certyfikatów” widzimy nasze dwa certyfikaty z nazwami własnymi wybranymi w trakcie ich uzyskiwania. Ja nazwałem certyfikat służący uwierzytelnianiu „Dworakowski KSEF”, natomiast certyfikat do pracy „off line” nazwałem KSEF FAKTURY. Nazwy mogą być oczywiście dowolne, ale musimy wiedzieć, który certyfikat do czego służy.

Nadawanie uprawnień innym osobom lub podmiotom.

Jeśli jesteśmy zalogowani jako właściciel, to tabela pozostaje pusta, gdyż posiadamy pełen zakres uprawnień.

Jeśli zostały nam nadane uprawnienia do innych podmiotów, to tabela będzie zawierała informacje dotyczące otrzymanych uprawnień (nazwa podmiotu, który udzielił uprawnień, zakres tych uprawnień ich opis, status oraz data początkowa nadanych uprawnień)

Jeżeli natomiast my chcemy nadać lub zmienić uprawnienia do KSEF naszej firmy innym osobom, to z menu po lewej stronie wybieramy właściwe działanie, np. „nadaj uprawnienia”

Wybieramy właściwy rodzaj uprawnień jakie chcemy nadać spośród następujących (na zrzucie ekranu nie jest widoczna pełna lista rodzaju uprawnień):

1. Osobie fizycznej do pracy w KSEF,
2. Osobie fizycznej do pracy dla klienta,
3. Osobie fizycznej do pracy dla wszystkich klientów,
4. Podmiotowi do wystawiania faktur w trybie samofakturowania,
5. Do wystawiania i przeglądania faktur jako przedstawiciel podatkowy,
6. Podmiotowi do wystawiania faktur VAT RR,
7. Podmiotowi do wystawiania i przeglądania faktur,
8. Dostawcy usług Peppol do wystawiania faktur PEF.

Chcąc nadać uprawnienia osobie fizycznej do pracy w naszym KSEF wybierzemy punkt 1.

Ekran będzie wyglądał w ten sposób:

Zaznaczamy w danych osoby fizycznej jak powyżej (osoba fizyczna posługująca się Profilem Zaufanym lub certyfikatem zawierającym identyfikator NIP lub PESEL) a następnie podajemy dane tej osoby:

Po czym wskazujemy rodzaj uprawnień jaki chcemy nadać (możliwość wielokrotnego wyboru) np. tak:

Po kliknięciu „nadaj uprawnienia” i następnie „odśwież” otrzymamy komunikat jak niżej:

Możemy nadać kolejne uprawnienia poprzez wybór „dodaj kolejne uprawnienia” lub przeglądać i zarządzać już nadanymi.

Przeglądanie nadanych już uprawnień – warto zwrócić uwagę, że osoba, której nadaliśmy kilka rodzajów uprawnień znajduje się na liście tyle razy ile uprawnień nadaliśmy. Każdy rodzaj uprawnienia widnieje osobno. W moim przykładzie nadałem wszystkie możliwe uprawnienia i ta osoba widnieje na liście pięciokrotnie.

Podobnie nadajemy inne rodzaje uprawnień.

Od 1 listopada br. uruchomiona jest wersja testowa KSEF, gdzie bez obaw o popełnienie błędów, można próbować wystawiać faktury i zapoznawać się ze schematem (strukturą) KSEF,

Wersja testowa KSEF dostępna jest pod adresem: https://web2te-ksef.mf.gov.pl/web/

Natomiast wersja KSEF DEMO (przedprodukcyjna) dostępna jest pod adresem: https://web2tr-ksef.mf.gov.pl/web/ .

Różnica w adresie jest niewielka, dlatego musimy zwracać szczególną uwagę na wpisywany adres.

Wersja TESTOWA: https://web2te-ksef.mf.gov.pl/web/

Wersja DEMO: https://web2tr-ksef.mf.gov.pl/web/

W wersji testowej musimy posługiwać się danymi fikcyjnymi (również przy logowaniu) natomiast w wersji przedprodukcyjnej (DEMO) logujemy się naszymi prawdziwymi danymi.

Do ćwiczeń w wystawianiu i odbieraniu faktur konieczne są fikcyjne identyfikatory. Nieocenioną pomoc w generowaniu takich identyfikatorów (muszą one być prawidłowe co do struktury i zawierać prawidłową liczbę kontrolną) znajdziemy pod adresem http://generatory.it/

Dalsze informacje o KSEF w pierwszej połowie stycznia 2026 roku.

Jerzy Dworakowski

autor jest doradcą podatkowym z 35 letnią praktyką w doradztwie podatkowym dla mikro i małych przedsiębiorców.

www.dworakowski.pl